傳說在遠古時期，伊甸園大陸的西境曾存在一片高度文明的沃土，古代人們稱之為「人間天堂-雅提斯」，專研此神話的「鐵輪堡探勘協會」透過小天使們帶回的遺跡碎片中，經過十幾年的努力完整解讀了「雅提斯之謎」。

這些遺跡碎片拼湊出雅提斯原本是位於伊甸園大陸西南方的一座「人工島」，那時的雅提斯相當繁華，擁有全世界最先進的科技，島上的居民則是由天神「波賽頓」所創造，雖然不是人類卻有著遠優於人類的智慧與科技。

雅提斯人個性相當狂妄自傲，瞧不起伊甸園大陸的所有居民與種族，當時島上的君王名為「瑪門」，他懷抱著統治世界的夢想，於是號召島上的菁英，操作著戰力超群的機甲橫掃伊甸園大陸，導致大陸上悲歌四起，到處都是狼煙與廢墟，天神「宙斯」感到憤怒，於是降下天罰並命令「波賽頓」與「赫發斯托斯」毀滅雅提斯，儘管有著超高科技的防護罩，依舊無法抵擋一天一夜持續不斷的火山爆發和海嘯，就這樣不到一天雅提斯便完全沒入海底之中，從此消失在世界上，只能從吟遊詩人的頌歌之中，感受到雅提斯過去的風光偉業…。

時至今日，噗吉噗吉村的平凡少年「噗噗吉」在岸邊發現一個身穿奇裝異服的可愛生物，他全身泛藍、皮膚光滑剔透，整體身長不到1米5。就在他昏迷三天三夜後，醒來的第一件事就是向「噗噗吉」表明自己是來尋找能拯救同胞的勇者，一個長期飽受「淵海魔獸」威脅的水下城市-「雅提斯城」。

「噗噗吉」自認並非勇者，於是帶著他來到「棕櫚基地」，尋找有能力的小天使，希望能幫助他度過難關…究竟，這個被認為早已毀滅的「雅提斯」會為伊甸園大陸帶來什麼風波呢…